有機肥廠應根據(jù)秩序、效率的原則進行設計和建設，所謂秩序原則就是布局應遵循有機肥生產(chǎn)系統(tǒng)順序和工藝順序，保證工藝的順暢；所謂效率原則就是布局應能滿足最大限度地提高勞動生產(chǎn)效率，保證生產(chǎn)的便捷，能以較低的能耗、較少的用工、適宜的勞動強度獲得較高的產(chǎn)能和最佳產(chǎn)品質(zhì)量。
1，區(qū)域布局
總體布局要功能分區(qū)明確，建筑平面布局要考慮潔污分區(qū)的環(huán)境衛(wèi)生要求。在資金、場地允許的情況下，應盡可能地明確劃分生產(chǎn)區(qū)、辦公區(qū)和生活區(qū)，盡量減少有機肥原料對辦公環(huán)境和生活環(huán)境的影響；同時也便于維護和保持廠內(nèi)正常生產(chǎn)秩序。一般情況下，應將辦公區(qū)和生活區(qū)安排在整個項目的上風向。
2，系統(tǒng)布局
系統(tǒng)布局要充分考慮有機肥廠生產(chǎn)的原料、工藝以及產(chǎn)品的特點。一般情況下，選用的有機肥原料多為有機廢棄物，如畜禽糞便、市政污泥和城市垃圾等，水分大，臭味重，運輸、儲存及預處理過程中多少會對生產(chǎn)生活和周邊環(huán)境產(chǎn)生一定影響。布局設計中，應將原料儲存系統(tǒng)和預處理系統(tǒng)建設在項目區(qū)的下風向；同時，在滿足工藝要求的情況下，布局的設計要盡可能地提高場地或土地的利用率。
3，系統(tǒng)規(guī)模
一般情況下，系統(tǒng)規(guī)模是由項目規(guī)模決定的，但原料種類、原料性質(zhì)、產(chǎn)品類型以及工藝因素也影響到系統(tǒng)設置的大小。例如，原料的性質(zhì)、來源決定原料儲存系統(tǒng)的大小，原料水分低、來源廣、取運方便的，相應儲存系統(tǒng)規(guī)模就小，反之就越大；原料的性質(zhì)也影響預處理系統(tǒng)的大小，原料組成越復雜，均勻度越差，預處理系統(tǒng)規(guī)模就越大；原料的性質(zhì)和選擇的發(fā)酵方式不同，發(fā)酵系統(tǒng)的大小也存在差異，條垛式發(fā)酵場地占用面積大；產(chǎn)品類型則決定加工系統(tǒng)的規(guī)模，有機-無機復混肥比例越大，加工系統(tǒng)規(guī)模相應也越大。
4，系統(tǒng)連接
由于各系統(tǒng)在時間和空間上都有相對的獨立性，有機肥生產(chǎn)體系是否完善依賴于系統(tǒng)間的有機銜接。布局設計中，通常通過建筑物連接、設備連接和工藝連接將各系統(tǒng)整合成一個有機整體。如在同一建筑物或車間內(nèi)劃分不同的功能區(qū)域，或者比鄰的建筑物見通過傳輸設備實現(xiàn)物料轉(zhuǎn)移，或者通過翻堆設備實現(xiàn)物料位移等。系統(tǒng)連接方式不是單一的，它受場地、原料形式和資金狀況等因素制約。在實際設計過程中，應注意生產(chǎn)運行路線的便捷，管線經(jīng)濟合理的工程技術要求；工程平面布置力求經(jīng)濟、合理，充分利用土地；在便于施工、便于安裝和便于維護的前提下，使近期工程哥處構筑物盡量集中，節(jié)約用地，并使工程區(qū)環(huán)境與周圍環(huán)境協(xié)調(diào)一致。
