中國微生物肥料行業(yè)經(jīng)過幾十年的發(fā)展已經(jīng)取得了一定的成績，形成了一定的規(guī)模，為中國農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展以及環(huán)境保護等做出了重要的貢獻。但是，目前中國微生物肥料行業(yè)仍舊存在著整體水平不高、技術(shù)創(chuàng)新不足、產(chǎn)品質(zhì)量和效果不穩(wěn)定、市場管理混亂等問題。
1，基礎(chǔ)研究落后于生產(chǎn)實踐
微生物肥料應用于生產(chǎn)中已經(jīng)有幾十年的時間了，但是還存在許多不明確、未解決的問題。目前很多研究僅僅集中在某一類功能菌的菌株分離和大田試驗方面，對于自然界中廣泛存在的其他菌株缺乏基礎(chǔ)研究，例如，對于根瘤菌的固氮作用研究較多，有些方面已達到分子水平，但是對于自生固氮菌、解磷、硅酸鹽類細菌及其他促生菌等還缺乏深入研究。另外，對于微生物肥料中功能微生物本身的特性、作用機制、功能基因、在土壤與根際的定殖機理和存活繁殖動態(tài)等也缺乏深入研究。
菌種效能不穩(wěn)定且單一。
2，微生物肥料的核心就是菌株。目前微生物肥料使用菌種比較單一且細菌肥較多，而細菌具有較強的自發(fā)突變性，在菌株繁殖傳代過程中往往造成菌株特性的減弱甚至消失，加之位于質(zhì)粒上的基因不穩(wěn)定使得很多優(yōu)良基因容易丟失，所以很多的細菌肥料在研發(fā)和試驗的時候具有較好效果，但是在推廣使用過程中往往產(chǎn)生效果降低的現(xiàn)象。在工廠化生產(chǎn)中，普遍缺乏菌株，菌種資源匱乏，很多產(chǎn)品中經(jīng)常是使用相同的菌株。并且其中活菌數(shù)量少，雜菌較多、有效期短。另外，有些未經(jīng)鑒定的有害菌株流入生產(chǎn)環(huán)節(jié)，帶來安全隱患。
3 監(jiān)督管理體制不夠完善
近幾年隨著微生物肥料的不斷發(fā)展，生產(chǎn)微生物肥料的企業(yè)越來越多，但多數(shù)是小規(guī)模企業(yè)，作坊式生產(chǎn)，設(shè)備工藝落后，產(chǎn)品質(zhì)量不高或者不穩(wěn)定。國家雖然已經(jīng)實行了登記管理制度，但是管理力度不夠，不少產(chǎn)品未經(jīng)登記和檢驗就進行生產(chǎn)和銷售。由于缺乏監(jiān)管和質(zhì)量檢驗，市面上流通著許多假冒偽劣產(chǎn)品冒充微生物肥料，給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)造成損失，影響惡劣。另外，由于缺乏對微生物肥料的正確宣傳和引導，其效果和好處還沒有被廣大農(nóng)民認可，微生物肥料在全國肥料中所占比重偏小。
